La Bnu et la MISHA conservent de remarquables collections d’objets antiques et archéologiques, plusieurs fonds documentaires photographiques et d’archives de chercheurs, scientifiques, archéologues et voyageurs. Ces collections intéressent plus particulièrement les chercheurs et spécialistes de diverses disciplines scientifiques.
En parallèle de ces collections, les livres imprimés en sciences de l’Antiquité représentent à la Bnu 131.000 volumes, dont 60.000 livres anciens antérieurs à 1918 et à la bibliothèque de la MISHA 70.000 volumes, dont 9000 livres anciens et de près de 3400 revues (dont près de 700 abonnements en cours) dans les deux établissements et plusieurs bibliothèques universitaires. Les orientations d’achat portent particulièrement, à la Bnu, sur l’antiquité classique, et à la bibliothèque de la MISHA, sur les antiquités classiques et orientales, égyptologie et papyrologie, et l’archéologie.
En 1872, l’archéologue allemand Adolf Michaelis a créé le Kunstarchäologisches Institut de Strasbourg, où il a réuni de riches collections documentaires conservées à la MISHA (livres, photographies, cartes) et fondé la gypsothèque où sont conservés environ 2000 moulages et 700 objets aujourd’hui visibles au Musée Adolf Michaelis situé au Palais universitaire. La Bnu, la bibliothèque de la MISHA, la bibliothèque des arts et les Archives départementales préservent la mémoire de cette activité d’enseignement et de recherche : lettres, manuscrits, carnets de voyages et de fouilles, archives de recherche, la bibliothèque personnelle de Michaelis, documents photographiques, ainsi que les documents administratifs afférents à la constitution et la gestion de l’Institut.
